Кайто Даймон, десятиклассник, представляет собой пример непризнанного гения с хулиганским уклоном. Вместо того чтобы углубляться в учебу, он тратит время на решение головоломок и загадок, находя в этом истинное наслаждение. Однако его жизнь в академии «Квадратный корень», известной своими фанатиками логических задач, была бы намного проще, если бы не его подруга детства, энергичная и целеустремленная Ноноха Ито. Она берёт на себя заботы о Кайте, не позволяя ему совсем погрузиться в мир головоломок и, таким образом, играет важную роль в его жизни. Среди своих одноклассников Кайто выделяется, особенно в лице Содзи Дзикукавы — президента школьного Совета и клуба любителей загадок, который ставит перед ним по-настоящему сложные задачи. Содзи, замысленный и хитрый, бросает вызов Кайто, отправляя его в смертельно опасный лабиринт. С помощью Нонохи Кайто преодолевает опасные испытания и получает «контракт Орфея» — особое устройство, дающее возможность раскрывать полные потенциалы разума, известное как «фи брэйн». Теперь, став одним из избранных Решателей, Кайто должен столкнуться с опасной тайной организацией, которая создает все новые, почти неразрешимые загадки. Под псевдонимом Эйнштейн и в компании верной Нонохи, он вступает в мир, где важно не просто заявлять о своих зайцах, а добиваться успеха на деле, решая одну за другой сложные задачи и при этом продвигаясь к «мистерии Бога». Однако вопрос о том, что на самом деле замышляет директор школы и какие цели преследует зловещая мировая закулиса, становится центральной загадкой сериала. Кайто и Ноноха оказываются втянутыми в сложные интриги и головоломки, где каждое решение может привести как к величайшей победе, так и к страшным последствиям. Таким образом, их приключения полны не только интеллектуальных вызовов, но и опасностей, которые угрожают не только их судьбам, но и самому миру знаний и разума.