Синдзи, наконец, приходит в себя после длительной комы, вызванной его отчаянной попыткой спасти Рэй, оказавшуюся в лапах мощного Ангела. Его пробуждение оказывается не таким, как он ожидал: на его шее надет сдерживающий ошейник, который лишает его свободы и подчеркивает его уязвимость. В то время как он пытается осмыслить свою новую реальность, его старые друзья – Мисато, Аска и другие – теперь сражаются на стороне организации WILLE, ведущей непримиримую борьбу против NERV. Синдзи вскоре осознает, что с момента трагического Третьего удара прошло целых 14 лет. За это время мир сильно изменился, и последствия той катастрофы отразились на судьбах всех героев. Большинство пилотов «Евангелионов» остались в подростковом возрасте из-за загадочного проклятия, связанного с их мехами. Эти долгие годы изоляции и борьбы оставили свою отметину не только на внешнем мире, но и на сознании Синдзи, который пытается понять причины происходящего вокруг. Мисато, его давний наставник и друг, внезапно оказывается в сложной позиции: она утверждает, что Рэй больше не существует, но внезапное появление новой версии Рэй на боевом роботе серии «Марк» меняет всё. Рэй становится единственной надеждой для Синдзи, осознание чего вызывает в нём смешанные чувства, наполненные и страхом, и желанием восстановить утраченные связи. В этой непростой ситуации, он должен разобраться в своих чувствах и в том, как его действия влияют на тех, кто остался с ним. Тем временем, последствия их выборов и сражений обостряются, и Синдзи оказывается перед лицом огромной ответственности. Понимание того, что его действия могут привести к новым разрушениям или, наоборот, к спасению, заставляет его задуматься о собственной роли в этой борьбе. Его внутренний конфликт отражает более широкую тему — о том, как личные ошибки могут влиять на окружающий мир. Фильм погружает зрителя в мрачный и сложный мир, где невозможно избежать выбора, а цена каждого поступка может оказаться неприемлемо высокой. Синдзи и его товарищи сталкиваются с необходимостью разобраться как со своими внутренними демонами, так и с неожиданными вызовами, которые ждут их в этом изменившемся мире. Это история о надежде, искуплении и поисках своего места в разрушенном мире.